Miasto Łomża zostało zaproszone do udziału w Szlaku w 2008 roku przez warszawską dzielnicę Targówek. Przystąpiło do inicjatywy na mocy uchwały Rady Miejskiej Łomży z dnia 14 lipca 2010 roku. Podczas spotkania Rady Programowej projektu, które po raz pierwszy odbyło się w naszym mieście, Prezydent Łomży przypomniał, że jesteśmy jednym z pierwszych miast które przystapiły do Rady i przyjęły deklarację powołania stowarzyszenia. Uczestniczyliśmy też w przygotowaniu zakresu projektu oraz procedur i zasad dotyczących jego realizacji. Prezydent zaznaczył, że mamy dobre doświadczenia z żeglugą. - Łomża była portem rzecznym przez kilka wieków swojego istnienia - Narwią, Bugiem, Wisłą spływały barki ze zbożem aż do Gdańska, miasto miało nawet 11 przepraw mostowych – mówił Prezydent Mieczysław Czerniawski.
- Do inicjatywy „Szlaku Wodnego im. Króla Stefana Batorego” przyłączyły się już 43 samorządy – informował w łomżyńskim ratuszu z-ca burmistrza Targówka Wacław Kowalski. Koordynator projektu Grzegorz Zawistowski gratulował Prezydentowi Łomży działań na rzecz ubogacenia oferty turystycznej miasta. - Naprawdę warto zaprosić wszystkich do obejrzenia tego, co w Łomży od kilku lat się dzieje pod szyldem Szlaku, to jeden z lepszych przykładów, jak powinno się tę ideę realizować – mówił Grzegorz Zawistowski. Goście, tuż przed rozpoczęciem posiedzenia Rady odwiedzili łomżyńskie bulwary. Port Łomża otworzyliśmy dokładnie rok temu. Powstał w ramach projektu „Budowa terenów sportowo-rekreacyjnych nad Narwią – I etap” przy dofinansowaniu RPO WP. Korzystamy ze wsparcia funduszy europejskich remontując zabytkowy Domek Pastora. Ze środków budżetu miasta przebudowaliśmy ulice wokół placu Starego Rynku, rozpoczynamy remont ul. Krzywe Koło i kamiennych schodków, którymi można zejść ze starego miasta w kierunku bulwarów.
Trasa Szlaku Wodnego im. Króla Stefana Batorego przebiega przez tereny charakteryzujące się ciekawymi walorami przyrodniczymi, miasta i miejscowości o bogatych tradycjach kulturowych, militarnych, zabytkowych: Zamek Królewski w Warszawie: Wisła - Kanał Żerański - Jezioro Zegrzyńskie - Narew - Biebrza - Kanał Augustowski (Niemen) oraz Wisła - Zalew Włocławski - Wisła - Nogat - Kanał Jagielloński - Elbląg - Zalew Wiślany (Morze Bałtyckie).
16 lipca 2007 roku w Warszawie powołana została Rada Programowa projektu. Trwają działania zmierzające do powołania Stowarzyszenia.
W Strategii Rozwoju Produktu Turystycznego “Szlak Wodny im. Króla Stefana Batorego: Wisła - Kanał Żerański - Zalew Zegrzyński - Narew - Biebrza - Kanał Augustowski (Niemen)” opracowanej na zlecenie Urzędu Marszałkowskiego Województwa Mazowieckiego oraz Urzędu Marszałkowskiego Województwa Podlaskiego, jako najważniejsze cele projektu wymieniono:
• rozwój różnych form turystyki na obszarach atrakcyjnych z punktu widzenia przyrodniczego i kulturowego,
• powiększenie atrakcyjności inwestycyjnej obszaru objętego projektem,
• rozwój dróg wodnych oraz infrastruktury do obsługi transportu wodnego,
• rozwój gospodarczy terenów objętych projektem,
• rozwój turystyki i sportów wodnych, żeglugi śródlądowej.
Projekt umieszczony został również w strategiach rozwoju województwa mazowieckiego, województwa podlaskiego oraz miast i gmin zaangażowanych w realizację.