Jeszcze przed otwarciem Pływalni Miejskiej nr 2 w Łomży, Państwowy Powiatowy Inspektor Sanitarny w Łomży, biorąc pod uwagę bezpieczeństwo sanitarne osób kąpiących się, wniósł o prowadzenie kontroli wewnętrznej jakości wody, której realizacja obejmuje:
-sporządzenie harmonogramu częstotliwości i zakresu badań wody
-badanie jakości wody z każdej niecki basenowej w miesiącach, w których nie są wykonywane badania w ramach nadzoru sanitarnego
-zakres badań parametrów: Escherichia coli, bakterie grupy coli, gronkowce koagulazo-dodatnie, ogólna liczba bakterii w 37 stopniach Celsjusza.
Pływalnia nr 2 realizuje zalecenia Sanepidu. Oprócz badań jakości wody przeprowadzanych w ramach nadzoru sanitarnego raz na kwartał, MOSiR zleca wykonanie dodatkowych 8 badań wody w ciągu roku. Oznacza to, że woda na Pływalni Miejskiej nr 2 kontrolowana jest co miesiąc. Jedynie w 2011 roku (maj i lipiec) badania wykazały obecność mikroorganizmów. Wówczas pływalnia natychmiast została wyłączona z użytkowania, a otwartą ją dopiero po dokładnej dezynfekcji i powtórnych badaniach Sanepidu.